Los Hombres de Negro tienen como función confundir o amedrentar a investigadores y testigos de OVNIs y visitantes extraterrestres, además de confiscar supuestas evidencias de presencia alienígena, con el propósito de preservar del conocimiento público las visitas de extraterrestres a nuestro planeta. Esta vez la historia comenzará en la actualidad para pasar después al año 1969, con Will Smith como el Agente J viajando en el tiempo para conocer a un joven Agente K (Tommy Lee Jones, que en 1969 será rejuvenecido por Josh Brolin).